淋病：淋病的致病菌是淋病双球菌，该菌进入尿道粘膜上皮细胞，并在细胞内繁殖形成急性炎症，有大量白细胞聚集在炎症部位吞噬细菌，死亡的细菌放出的内毒素使粘膜层坏死，产生大量脓性分泌物由阴茎排出；霉菌性龟头炎：如果是霉菌性龟头炎引起的阴茎流脓，同时患病的部位出现红斑、肿胀、发热、溃烂、渗出；滴虫感染：多因配偶患有阴道滴虫病而被传染。症状较轻；梅毒：梅毒引起阴茎流脓通常是在下疳形成之后。