掌跖脓疱病可采用药物疗法、光化学治疗等方法治疗。
糖皮质激素具有抗炎、抗毒、抗过敏的作用，可以治疗掌跖脓疱病；还可以服用维A酸胶囊，可以起到改善皮肤细胞增生、分化、角质溶解等的效果。如果是重度的掌跖脓疱病，可以在医师的建议下服用环孢素来进行治疗。
光化学治疗是使用补骨脂素和紫外线 A段（PUVA）进行治疗。给病人使用补骨脂素，然后使用 A段的紫外线照射到受伤部位，可以加快局部的血液流通，从而加快炎症的吸收和组织的新生。