阴茎疣常无自觉症状，部分可冠状沟、龟头、包皮、包皮系带、尿道口、尿道内、阴茎体及根部、会阴、肛门周围及肛内（直肠）、腹股沟等处出现局部疼痛或瘙痒。基本损害初起为细小淡红色小疙瘩，大小不一，单个或群集分布，湿润柔软，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，红色或污灰色，根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。