阴茎根部长了痘痘很疼，常见的是毛囊炎，它是红色的丘疹，表面可能会有脓疱，然后按压会有明显的疼痛，治也有可能是尖锐湿疣，是性病的一种，是人乳头瘤病毒感染之后导致的。表现是菜花样的或者是鸡冠样的赘生物，比较硬，容易出血，治疗的情况下可以选择激光，然后局部外涂抗病毒的药膏。也不能除外皮肤肿物，疥疮结节等，需要医生面诊确定。