灰指甲可以通过外涂、内服、手术等方式来去除。
灰指甲分为浅表性、远端甲下型、近端甲下型和全甲损毁性，近端甲下型和全甲损毁型的灰指甲多涉及到甲的生长中心——甲母质。就算是拔掉了，灰色的指甲也会重新长出来。因此，现在临床上主要是用小刀或者指甲锉，缓慢的将指甲一点一点的拔除，最后用药物进行治疗。
西药中有一些抗真菌的药物，可以外用，也可以内服，比如南美舒、伊曲康唑口服液、大扶康胶囊等药物，治疗效果一般都不错。