治疗灰指甲时，采用口服抗真菌药与外用抗真菌药的联合应用，可获得显著的疗效。
在使用抗真菌药时，要注意避免引起不良反应，如皮肤瘙痒、皮疹等。在治疗红色毛癣菌感染之前，建议先前往医院进行真菌镜检和真菌培养，根据培养结果选择最适合的抗真菌药，例如口服伊曲康唑或特比萘芬，疗程至少需要3～4个月，如果指甲生长缓慢，则需要更长时间，每月还需要监测肝肾功能，只有在无异常情况下才能口服下一个月的药物。如果患者病情加重，应考虑使用外用药治疗。盐酸阿莫罗芬搽剂是一种可供外用药选择的方案，若采用联合口服药的方式进行治疗，则可获得更为显著的疗效。另外对于甲沟炎、趾间沟糜烂以及趾端角化症也要进行积极有效的治疗，如果没有及时得到处理会造成继发感染而影响患者生活质量。在治疗过程中，定期对患甲进行修剪是必要的，因为这有助于刺激新甲的生长，而通过药物治疗和定期修剪，可以达到治疗的目的。对于患有甲沟炎，扁平足以及其他皮肤问题的患者要特别注意及时进行检查诊断，并给予相应的对症处理。由于真菌感染具有传染性，因此及早治疗以避免感染所有指甲是必要的。
此外，不建议盲目使用保健品类药物治疗灰指甲和修脚店修脚，但如果修脚工具未经过消毒，就可能会被跖疣等其他疾病所传染，这是得不偿失的。甲癣也叫甲真菌病，属于一种常见的感染性皮肤病。一般而言，该疾病在临床实践中表现出较佳的治疗效果，因此建议前往合法的皮肤科医院进行治疗。