剪指甲会出现疼痛的原因是：
1、软组织损伤：剪指甲的时候误伤了周围的软组织，造成组织的破损、出血和疼痛，一般是可以自己恢复的，但是如果是大的创伤，又没有及时的清洗，很可能会造成感染，继发甲沟炎，从而造成长期的疼痛。
2、甲沟炎：已患有甲沟炎，修剪指甲的时候会引起更大的痛苦。
3、真菌性指甲感染：如果是真菌性指甲感染，常伴有甲周组织的炎症，同时伴有疼痛。