脸上长小肉疙瘩可能是扁平疣导致的，具体分析如下：
首先建议到医院进行针对性的治疗，可以口服维生素C和板蓝根颗粒。内分泌失调会导致机体功能分泌紊乱，体内毒素无法排出，可以外用维生素E。普通疣可以通过物理治疗，也可以使用抗病毒的药物，比如说阿昔洛韦、伐昔洛韦等。日常生活中要保持良好的个人卫生习惯，尽量不要去搔抓、挤压。