激光去痣的副作用主要跟医生的判断和操作技巧有关，激光去痣的副作用之一是如果点痣的深度不够，去除不彻底容易复发，复发的痣活性提高，恶变的机会更大一些。此外，如果想要彻底去除，激光烧灼就要达到一定深度，而超过一定深度就会遗留疤痕。