灰指甲用药后有时也会疼的，这属于正常反应。因为灰指甲有轻有重，如果是很轻的话，就不会疼，如果严重了，用药后也会疼的。因为灰指甲恢复期是需要很长时间的。以选择使用其他的抗真菌的药物之类的药物，可以用清水清洗患处，可以去医院皮肤科就诊吧。