目前灰指甲的治疗，主要是抗真菌的治疗，常用的是规范的口服抗真菌药物治疗。灰指甲学名为甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病。甲真菌病由于甲板角化，药物不易透入，一直是治疗的难点。由于唑类药物和丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有了很大的进展。甲真菌病的治疗可以口服、外用药物，或手术拔甲。
手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心。口服药物，目前常用的是口服特比萘芬片、伊曲康唑片、氟康唑。口服药物治疗可以治愈80%以上的甲真菌病，因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。其用药量大、用药时间长，应定期监测药物的不良反应。外用疗法目前常用的有30%的冰醋酸外涂，或10%的冰醋酸泡病甲，也可以外涂阿莫罗芬搽剂、环比酮安酮甲涂剂等抗真菌的外用药。