扁平疣要根据病情选择合理的治疗方法，如果皮疹较少，可用冷冻或激光直接去除疣体，如皮疹密集又多又小，只能采用系统的治疗方法，如注射或者是口服抗病毒的药物和提高机体免疫力的药物（干扰素，胸腺肽等）。一般治疗1个月为1个疗程，还可以配合外用的药物治疗如维A酸软膏，酞丁胺搽剂等。在治疗的时候要注意药物的不良反应。