灰指甲的直接病因，是真菌感染了指甲，可能和长期脚气、指甲外伤，自身抵抗力低下等有关。灰指甲是甲真菌病的俗称，是由于真菌侵犯到甲板所致。由于甲板自然坚固，抵抗力较强，而真菌的侵犯能力较弱。所以绝大部分灰指甲，都是由长期脚气蔓延而来。对于有甲沟炎，个人体质较差，或者不注意个人卫生，鞋子潮湿闷热的人群，灰指甲的发生率更高。