艾滋病的病死率极高，平均存活期为12-18个月。同时合并卡波西肉瘤及肺孢子菌肺炎者病死率最高。病程1年病死率50%，3年为80%，5年几乎全部死亡。合并乙型肝炎、丙型肝炎者肝病进展加快，预后差。在过去的40年里，艾滋病已导致3500万人死亡。随着抗病毒治疗和机会性感染的防治，每年的死亡人数都在急剧下降。