生殖器疱疹表现在生殖器部位红斑基础上发生簇集性水疱，发生溃疡时伴有疼痛。女性患者的临床症状重于男性患者，也有部分的女性患者可伴有排尿困难以及宫颈感染。男性的复发率高于女性患者。患者临床表现个体差异很大，每个患者及同一患者每次发作的严重程度和持续时间存在很大差异，有时仅出现1-2个皮损，持续2-3天，而有时皮损较多，可持续两周。