长皮下囊肿有可能是以下的原因导致的，第一、可能是局部受伤或者局部经常受摩擦刺激，而导致局部的皮下软组织出现异常的病变，从而导致囊肿的形成。第二，有可能是遗传性或者体质而导致的，这种情况通常都是全身多发性的皮下囊肿，有可能是父辈或者祖辈遗传的体质问题。也有可能是出生之后，个人的体质变异而导致这种情况。