灰指甲由于致病菌菌种的不同以及临床类型的不同，治疗也各有区别，可以依据抗真菌药物的抗菌谱或者参考致病菌的药敏试验结果，选择口服抗真菌药。如皮肤癣菌所导致的灰指甲，可选用伊曲康唑和特比萘芬。如果是其他真菌引起的灰指甲，应选用伊曲康唑，服一周停三周为1个疗程，需3-4个疗程。同时联合外用药治疗，要刮除甲板病变的部分，再外用阿莫罗芬甲搽剂，应使用6个月以上。