新生儿头部皮下的囊肿，总体而言是不严重的。但是如果囊肿长在头面部，比较暴露的部位可能影响美观，就有一定的影响。新生儿的皮下的囊肿，以皮样囊肿比较多见，一般是先天性的，有可能继续增大，也有可能感染出现局部红肿，所以可以择期手术切除这些囊肿。也可以先将囊肿内的囊液抽吸干净，然后囊腔内灌注入一些药物，让囊肿壁塌陷、纤维化，实现囊肿消退。