生殖器疱疹是由人乳头瘤病毒感染人体所导致的，而艾滋病是艾滋病病毒感染人体引起的。这分别是由两种不同病毒感染人体所导致的两种不同类型的传染性疾病，两者没有任何关联。人体感染乳头瘤病毒之后，只要不接触艾滋病的传染源，就不会感染艾滋病病毒。不过，如果有生殖器疱疹的人与艾滋病病毒感染者发生无保护性接触，那么感染几率要高于普通人群，这是因为其生殖器表面有水疱、脓疱以及浅表溃疡，在发生性行为时，生殖器黏膜更容易受到损伤，使艾滋病病毒有更多机会入侵。