生殖器疱疹的传染途径，主要是性行为、性接触传播，也可以通过母婴传播。生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒，单纯疱疹病毒分为Ⅰ-Ⅱ型，其中生殖器疱疹90%由Ⅱ型单纯疱疹病毒引起，通常就是在性交的时候，由于一方有单纯疱疹病毒的感染，与其接触之后通过对方皮肤上面微小的裂隙或者破损，这样病毒就进入到健康一方的皮肤黏膜当中，继而引起感染生殖器疱疹。
近年来生殖器疱疹有不少可由Ⅰ型单纯疱疹病毒引起，多数是通过口腔、生殖器接触所引起。另外，母婴途径也可传播生殖器疱疹，比如母亲感染了单纯疱疹病毒，可以在子宫内传染给胎儿，或者在分娩的时候经过产道传染新生儿，引起新生儿单纯疱疹。