掌跖脓疱病的治疗是在医生的指导下口服四环素类抗生素、维A酸类药物积极治疗，还可以使用秋水仙碱、雷公藤等药物控制病情的发展。联合使用焦油类或维A酸软膏局部治疗，配合糖皮质激素封包治疗，可以促进疾病的恢复，还可以局部做紫外线的治疗。
掌跖脓疱病的治疗周期比较长，一般需要2-3个月，而且局部还不能刺激。用药期间尽量减少肥皂、洗衣粉、洗洁精等化学物品的刺激。