阿昔洛韦乳膏治疗扁平疣的效果不是非常明显，因为阿昔洛韦乳膏的主要成分有阿昔洛韦，对于疱疹病毒具有明显的抵抗作用，但是对人类乳头瘤病毒的治疗作用比较有限。
扁平疣主要由于感染了人类乳头瘤病毒，而形成皮肤表面的疣状增生。所以这种疣体的治疗，可以使用干扰素凝胶外涂，或者采用激光冷冻治疗。扁平疣数量多者，还需要口服调节免疫力的药物，如匹多莫德、胸腺肽、转移因子口服液等。