肛门尖锐湿疣可以外用0.5%的鬼臼毒素软膏，或者5%的咪喹莫特乳膏。
肛门尖锐湿疣如果是发病的早，疣体不大，通过外用药可能会治愈。但是大多数情况是需要联合治疗，通常是联合物理疗法，如激光治疗，以及冷冻治疗、电灼治疗、电凝治疗、微波治疗等。如果是巨大的疣体，可能需要进行手术治疗，手术治疗可以整体切除，也可以分批切除。