毛囊脓疱疮的治疗周期一般为短期治疗，一般多为药物治疗，对皮损广泛，全身症状较重，伴发热、淋巴结炎及体弱或经局部药治疗无效者，应及时全身应用抗生素。轻症患者多选择金黄色葡萄球菌敏感的头孢菌素类抗生素，如头孢唑林钠、头孢他啶、头孢哌酮等，必要时依据药敏试验选择用药。
一、药物治疗
本病的治疗多以杀菌、消炎、止痒、干燥为原则。
1、脓疱未破者，可外搽10％硫黄炉甘石洗剂，洗剂的干燥作用很强，脓疱一般3~5天干燥脱落，如有脓疱较大时应抽取疱液，脓疱破溃者可用1∶5000高锰酸钾液、1∶2000黄连素液或0.5％新霉素溶液清洗湿敷，再外搽莫匹罗星软膏、红霉素软膏或诺氟沙星软膏。
2、对皮损广泛，全身症状较重，伴发热、淋巴结炎及体弱或经局部药治疗无效者，应及时全身应用抗生素。选择金黄色葡萄球菌敏感的头孢菌素类抗生素，如头孢唑林钠、头孢他啶、头孢哌酮等，必要时依据药敏试验选择用药。
二、手术治疗
本病一般无需手术治疗。