1、皮肤检查：医生通过视诊检查患者的一般状态，有无消瘦、精神萎靡的症状，观察皮损的部位、范围、程度，表面有无破溃、出血、感染。触诊皮损的质地、层次、性质。结合既往病史有助于初步判断疾病的类型，进行疾病的初步诊断。
2、病原体检查：医生通过取皮损部位的渗液进行培养，若发现阿米巴原虫可以明确诊断。通过病原体检查可明确诊断，并指导下一步治疗。
3、组织病理学检查：属于有创性检查，适于病原学检查未发现阿米巴原虫者，通过切取部分皮肤损害部位进行显微镜下观察，若在组织内发现阿米巴原虫可以明确诊断。
4、血常规检查：白细胞总数和分类均大多在正常范围内，部分患者血中嗜酸性粒细胞增多。
5、粪便检查：有肠道阿米巴病者，粪便作0.9%氯化钠溶液涂片镜检可见大量红细胞，少量白细胞和夏科-雷登结晶。若有以伪足活动、吞噬红细胞的溶组织内阿米巴大滋养体，即有确诊意义。
6、免疫学检查：
（1）特异性抗体检测，常用酶联免疫吸附试验(ELISA)、间接荧光抗体试验(IFAT)、放射免疫测定(RIA)等方法，由于溶组织内阿米巴滋养体对人的免疫性很强，患者几乎都能产生特异性抗体，特异性IgG抗体可在患者血中存在10年以上，阳性时有确诊价值，阴性时可排除本病诊断。特异性IgM仅在血中存在1~3个月，阳性时提示有近期或现症感染，阴性则不能排除诊断。
（2）特异性抗原检测，用溶组织内阿米巴滋养体作为抗原免疫动物制备多克隆或单克隆抗体，采用ELISA、IFAT、RIA等方法检测患者粪便中的溶组织内阿米巴滋养体抗原，灵敏度高，特异性强。