小棘苔藓的病因现在尚不明确。有学者认为与维生素A缺乏有关，也有的认为其是某种疾病的反应模式，免疫力低下的患者也容易诱发小棘苔藓，并且男童好发。
一、主要病因
病因尚不明，但可能与以下因素有关：
1、因为患者使用维生素A治疗后症状可好转或痊愈，故有的学者强调本病与维生素A缺乏有关。
2、许多疾病可出现类似小棘苔藓的皮损，认为本病可能是对某些疾病发病过程的一种反应模式，可能是机体对感染、药物、免疫或新陈代谢的一种反应，也有人认为本病可能是毛发苔藓的亚型。
3、免疫力低下的人群容易诱发真菌感染，导致皮肤角化功能的紊乱。
二、诱发因素
父母曾发生过小棘苔藓可能是此病的诱发因素，因为小棘苔藓是显性遗传，对于患有小棘苔藓的患者，如果子女不注意自身的清洁，将会比普通人更易发生小棘苔藓。