由于脐部脐肠系膜管息肉的病因和发病机制尚未完全阐明，目前仍缺乏病因治疗。临床中主要药物治疗抗炎和减少渗出，以手术切除为主要治疗方法。
一、药物治疗
地奈德乳膏的主要成分为0.05%地奈德，为糖皮质激素类药物，具有抗炎、止痒及减少渗出作用。其分子式中不含卤素，通过加入缩丙酮和甲基，提高了亲脂效力，渗透性较好。在其中加入呋喃唑酮片剂，属于抗生素局部给药，提高了其抗炎功效。
二、手术治疗
1、外科手术切除：将患者局麻后，手术切除即可。
2、二氧化碳激光：使用二氧化碳光刀切除肿块，该方法的有点主要包括保留了脐部的外观特征，解决了脐部的美容效果，操作简单，手术出血少或无出血，术后愈合时间短，水肿反应轻，不需缝合及拆线，治疗费用低，感染率低，优于传统手术，减少了麻醉风险和护理流程。
三、其他治疗
1、冷冻：通过液态氮进行冷冻切除息肉。液态氮属于非常低的冰点，通过低温可以对局部的组织进行快速的降温，有利于皮肤细胞短期内吸入过冷的能量，造成局部缺血坏死，也就间接将病变处理掉，效果比较理想，而且病变范围比较局限。
2、电凝技术：利用高频电流产生的热效应使组织凝固，坏死而达到切除息肉的目的。本方法创伤较小，没有副作用。