淋病后综合征的治疗因采取对因治疗，如具有感染的患者可使用抗生素，结蹄组织增生者可使用泼尼松，具有精神症状的患者可使用安定，患有前列腺增生的患者可以使用苯苄胺片。
一、一般治疗
1、坐热水浴：患者可去澡堂泡热水澡或在家坐热水浴，对于患者的泌尿系统及腹部的不适症状具有缓解的作用。
2、心理治疗：家人及医护工作者应多关心和照顾患者，可陪患者看电影、运动、追剧、做美食等，以转移患者的注意力，达到治疗的目的。
二、药物治疗
1、阿莫西林克拉维酸钾：属于光谱青霉素类药物，对革兰氏阴性菌及革兰氏阳性菌都具有良好的作用。用于本病的患有感染的患者。对本品中任一成分或青霉素类药物过敏以及有β-内酰胺类过敏性休克史者、传染性单核细胞增多症者、曾经出现过阿莫西林克拉维酸钾相关胆汁淤积或肝功能损伤的患者禁用。
2、红霉素：为大环内酯类抗生素，对革兰氏阳性菌及革兰氏阴性菌都具有一定的作用，适用于感染性疾病。孕妇和哺乳妇女慎用，对大环内酯类药过敏者禁用。
3、泼尼松：此药物为中效能糖皮质激素，具有良好的抗炎、止痒、调节免疫、抗过敏的作用。用于此病具有黏膜下水肿及结蹄组织增生者。糖尿病患者慎用、妊娠期慎用。对本品及甾体激素类药物过敏者禁用。不可长期大量大范围使用。
4、苯苄胺片：功能主治前列腺增生症引起的排尿困难，如昼夜尿频、尿急、尿线细、尿滴沥、排尿等待等症状。近期有严重心血管疾病或脑血管意外患者忌用，或在医师指导下使用。
5、安定：常指地西泮，主要用于抗焦虑、镇静催眠，还可用于抗癫痫和抗惊厥。用于此病的精神症状严重的患者。避免长期大量使用而成瘾，如长期使用应逐渐减量，不宜骤停。孕妇、妊娠期妇女、新生儿禁用。
三、手术治疗
本病暂无针对性手术治疗方法。