1、体格检查：可通过视诊和触诊观察有无丘疹以及丘疹形态、颜色、质地等，并通过丘疹大小及表面光滑程度、质地、活动度等判断是否为传染性软疣。
2、血常规检查：通过外周血象白细胞、血沉、C反应蛋白等指标是否升高判断患者有没发生严重感染。
3、疱疹刮片：组织病理学具有特征性，表皮可呈数小叶并向下延伸而挤压真皮的纤维组织，成为梨形囊状体。由基底层开始，表皮细胞逐渐变性，愈向上部的变性程度愈大，变性细胞内可见嗜酸性包涵体又称软疣小体。