无色素痣病因不明，根据组织病理的表现，认为无色素痣的发生与黑素体聚集和输送障碍有关。
本病病因并不清楚，根据本病的先天发病，没有家族史，损害局限于一侧，故1967年Coupe提出无色素痣是一种发生学上的畸形，使黑素小体的合成和转运异常。