生殖器疱疹具有容易复发的特点，其治疗主要是抗病毒治疗，目前尚不能做到彻底根治，在治疗后能有效缓解疼痛、缩短病程、防止继发感染等并发症发生。目前常用的药物是阿昔洛韦和泛昔洛韦，对局部需保持清洁、干燥，继发细菌感染的患者可外用或者静脉使用抗菌药物，疼痛明显时可口服非甾体类镇痛药，例如布洛芬、双氯芬酸钠，同时需增强身体免疫力防止复发。