生殖器疱疹多数是由单纯疱疹病II型引起的，有少数是由单纯疱疹病毒I型引起。治疗主要使用针对单纯疱疹病毒的抗病毒药物。对于原发性生殖器疱疹，可以用阿昔洛韦、伐昔洛韦或者泛昔洛韦口服治疗7-10天。对于复发性生殖器疱疹，可以使用阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦口服治疗5天。如果频繁复发，可以长期持续给药，疗程可以达到4个月到1年。