生殖器疱疹大多数是由单纯疱疹病毒II型感染所引起的。接触传染源以后，病毒通过皮肤、黏膜轻微擦伤或裂口侵入上皮细胞并繁殖，引起疱疹样改变。同时病毒沿外周感觉神经进入脊髓背根的感觉和运动神经节形成潜伏感染。此时皮肤的疱疹样损害可以恢复，表面上看起来生殖器疱疹已经康复，但实际上患者生殖道的皮肤黏膜仍能排出病毒，依然有传染性。所以生殖器疱疹不发病也可以传染。