扁平疣是人乳头瘤病毒感染导致的，阿昔洛韦软膏虽然也是抗病毒的药物，但是用于治疗核苷类病毒感染导致的疾病如带状疱疹、单纯疱疹、水痘等。所以阿昔洛韦软膏不能治疗扁平疣，治疗扁平疣可以选用维A酸软膏、斑蝥素软膏、干扰素凝胶等，也可以将长出的扁平疣直接用激光去掉。扁平疣数量多者还需要口服调节免疫力的药物如匹多莫德、胸腺肽、转移因子口服液等。