男性尖锐湿疣的治疗与尖锐湿疣的大小、生长的部位、尖锐湿疣的多少有关。男性尖锐湿疣最好发的部位阴茎包皮口、冠状沟、龟头等部位，也有肛周尖锐湿疣的患者。如果尖锐湿疣生长在包皮口处，多发密集，可以行包皮环切术一并切除，然后口服抗病毒药物（利巴韦林）。如果是生长在冠状沟及龟头散在生长，可以用激光或是液氮冷冻治疗。如果是单纯龟头密集散在湿疣可以氟尿嘧啶局部涂抹治疗，效果很好。肛周的可以激光治疗。