慢性呼吸衰竭基本对全身各喝系统都有影响，主要是因为缺氧及二氧化碳潴留导致的。如果大脑缺氧，会出现嗜睡，精神差，意识模糊。另外长期缺氧，心脏为了为全身提供氧气，会代偿性导致心率增快，时间长会导致心脏增大。胃肠道缺氧会出现胃肠缺血，出现腹痛等症状。肾缺氧，肾脏血管会收缩，血流量减少，会出现少尿，甚至肾衰。