支气管镜检查时虽然咽喉部回行局部雾化吸入麻醉，但操作过程中还是有明显的不适感。首先经鼻腔、会厌、声门时患者会感到鼻腔疼痛、咽呛咳明显，部分患者好胸闷、呼吸困难。部分病人感恐惧感好心慌、出冷汗，亦可以加重呼吸困难感。有时老年病人因缺氧、心率增加诱发心绞痛、心肌梗塞的发生。气管镜总体上还是安全的微创检查。