克雷伯杆菌肺炎首选的抗素有很多，比如头孢类抗生素，头孢类抗生素治疗克雷伯杆菌肺炎主要以第3、第4代抗素为主，对杆菌的杀伤作用比较强，尤其适合于有耐药性的杆菌。还可以给予氨基糖苷类的抗生素，比如说妥布霉素，庆大霉素，阿米卡星等。喹诺酮类的药物也可以用来治疗克雷伯杆菌肺炎，常用的药物有左氧氟沙星，莫西沙星等。