血源性肺脓肿首选的抗生素是根据常见致病菌来决定的。血源性肺脓肿如肺外感染病灶是皮肤感染如疖、痈等造成的菌血症，其致病菌多为葡萄球菌和链球菌感染，可选用耐β-内酰胺酶的青霉素或头孢菌素治疗，如为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）感染，应选用万古霉素或替考拉宁，必要时可用利奈唑胺或替加环素治疗。如果肺外感染的病灶是泌尿道、腹腔或盆腔感染产生的败血症，常见的病原菌则为革兰阴性杆菌，可以应用碳青霉烯类抗生素进行治疗。