儿童咳嗽应用灌肠疗法对孩子的影响或者副作用，首先是引起肠道菌群的紊乱。因为灌肠的药物往往是清热解毒类的中药或者含有抗生素、激素等成分，这些成分往往会干扰孩子正常的肠道菌群，从而引起肠道菌群紊乱。肠道菌群紊乱以后，就会引起儿童发生腹痛、腹泻等症状。其次是造成肠黏膜的损伤，如果灌肠的压力没有调整得当，往往会损伤孩子娇嫩的肠黏膜，从而引起大便隐血。