药物都会有一定副作用，三九感冒灵颗粒同样也有副作用。它是复方制剂，由一些中药成分和西药组成。常见的不良反应有皮疹、荨麻疹、药物热，以及粒细胞减少，特别是白细胞减少，但其发生率很小的。其中的马来酸氯苯那敏片有困倦感、嗜睡作用，不适合驾驶机动车或精密仪器作业。对乙酰氨基酚成分诱发患者出现胃痛。中药成分大部分是寒凉性的，脾胃虚寒者不要长时间使用。