上呼吸道感染约有70%-80%由病毒感染引起，包括鼻病毒、腺病毒、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒等。另有20%-30%上呼吸道感染是细菌感染所引起，可单纯发生或继发于病毒感染之后，多见于口腔定植菌，如溶血性链球菌，还可以为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等，偶见革兰氏阴性杆菌。
基础病原体是否发病，取决于传播毒性和人群易感性，一般患者在淋雨、受凉、气候变化、过度疲劳等，降低呼吸道防御能力的情况下，致使病原菌迅速繁殖，或者直接接触携带病原体的病人，由喷嚏、空气、污染的手诱发本病。多见于老年体弱、免疫功能低下或有慢性呼吸道疾病的患者，如慢性支气管炎、扁桃体炎患者更容易发病。成年人平均每年2-3次，学龄前儿童每年上呼吸道感染次数可达到4-8次。