上呼吸道感染和咽炎的区别主要在上呼吸道感染的范畴更广，因为上呼吸道感染包括急性咽炎、急性喉炎、急性扁桃体炎，以及普通感冒、疱疹性咽峡炎、咽结膜热等。咽炎包括急性咽炎和慢性咽炎，只有一部分急性咽炎在急性上呼吸道感染的范围中。
急性上呼吸道感染多由病毒感染所引起，咽炎大部分没有感染，或者少部分由病毒感染所引起，比如咽炎既可以是因为接触了一些理化因素所引起，也可以是因为用嗓过度所引起。