支原体肺炎和衣原体肺炎都属于病原微生物感染引起的肺炎，两者有明显的区别，说明如下：
1、病原微生物不同：支原体肺炎感染的病原微生物是肺炎支原体，而衣原体肺炎感染的病原微生物是肺炎衣原体。
2、临床表现不同：支原体肺炎的主要表现是发热、乏力、干咳、呼吸困难、胸痛，而衣原体肺炎的主要表现是咽喉疼痛、鼻塞、流涕、结膜炎、乏力、肌肉酸痛。
3、治疗方法不同：支原体肺炎首选大环内酯类抗菌药物，如阿奇霉素、罗红霉素、红霉素，而衣原体肺炎首选多西环素。