导致急性上呼吸道感染常见的病原体应该是病毒，几乎占据急性上呼吸道感染中80%，甚至80%以上，还可能是衣原体、支原体，少数可能伴有细菌感染。
临床分辨急性上呼吸道感染是否是由细菌感染所导致，通常依据患者是否有脓鼻涕、是否有化脓性的扁桃体炎。如果患者没有脓鼻涕，仅仅是流鼻涕、打喷嚏，而且是清鼻涕，通常分析是病毒感染所导致。因为是病毒感染导致，因此不要随意的使用抗生素，只有当患者有脓鼻涕，或者同时合并有化脓性扁桃体炎，才考虑可能是细菌感染导致，或者是在病毒感染基础上混合细菌感染。至于衣原体、支原体，也可以导致急性上呼吸道感染。因此，必要的时候可以选择大环内酯类的抗生素，如果分析判断不是衣原体、支原体，也不是细菌而是病毒，通常不要盲目的使用抗生素，而主张以多喝水、多休息、多食容易消化的食物，必要的时候可以选择清热解毒的中成药，缓解病毒感染导致的急性上呼吸道感染的全身症状和局部的卡他症状。