阿仑膦酸钠片对上消化道黏膜局部可产生刺激，可导致食管炎、食管溃疡、食道糜烂等，罕见的又可引起食管狭窄、穿孔等。因此该药服用时，要求早饭前至少半小时用一满杯白开水送服，并且服药后避免躺卧，保持站立姿势，以降低药物对食道的刺激。
阿仑膦酸钠片是临床中常用的治疗骨质疏松的药物，耐受性一般比较好，一项长达五年的研究实验证明，它的不良反应比较轻微，一般不需要停药治疗。罕见报道口服阿仑膦酸钠后，患者拔牙或者局部感染愈后延迟时，可发生局部下颌骨的坏死。