多种因素所引起的上气道狭窄或维持开放功能下降，是睡眠呼吸暂停的主要原因，患者入睡后会导致呼吸暂停和低通气情况进一步加重。
1、疾病因素：
（1）继发性中枢性睡眠呼吸暂停综合征的常见病因包括各种中枢性神经系统疾病、脑外伤、充血性心力衰竭、麻醉和药物中毒等。神经系统病变主要由血管栓塞或变形疾病引起的脑干、脊髓病变、脊髓灰白质炎、脑炎、枕骨大孔发育畸形和家族性自主神经功能异常等。
（2）中枢性睡眠呼吸暂停的发生，主要与呼吸中枢呼吸调控功能不稳定性增强有关。
（3）部分内分泌疾病如甲状腺功能减退症、肢端肥大症，常合并阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征。
2、非疾病因素：
（1）阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的发病有家庭聚集性和遗传倾向，多数病人肥胖或超重，存在上呼吸道包括鼻咽部位的解剖结构狭窄。
（2）复杂性睡眠呼吸暂停综合征是一类特殊类型的睡眠呼吸暂停，主要在无创通气治疗后出现，是指阻塞性睡眠呼吸暂停综合征病人，在持续气道正压通气治疗过程中，当达到最佳治疗水平时，阻塞性呼吸暂停时间消失。