睡眠呼吸暂停低通气综合征的发病原因较多，主要是由于上气道解剖异常、遗传因素等相关因素导致的，好发于40~60岁男性超重中老年人。
1、上气道解剖异常：包括鼻腔阻塞(鼻中隔偏曲、鼻甲肥大、鼻息肉、鼻部肿瘤等)、扁桃体肥大、软腭松弛、悬雍垂过长、过粗、咽腔狭窄、咽部肿瘤、咽腔黏膜肥厚、舌体肥大、舌根后坠、下颌后缩、颞颌关节功能障碍及小颌畸形等。
2、家族史：本病具有较强的遗传因素，一级亲属患本病的风险是无亲属患病者的2倍。
3、其他相关疾病：包括甲状腺功能低下、肢端肥大症、垂体功能减退、淀粉样变性、声带麻痹、其他神经肌肉疾患如帕金森病、长期胃食管返流、脑血管意外、脊髓前侧切除术、脑炎、枕骨大孔发育畸形、脊髓灰质炎等 ( 呼吸调解中枢紊乱)。