先天性并指多指畸形的治疗主要是通过手术进行进行指(趾)分离及切除，最大程度恢复手、足部功能及外形美观。
一、药物治疗
该疾病暂无药物治疗。
二、手术治疗
1、皮肤覆盖：根据畸形的情况，灵活运用“Z”成形原理，将多余指(趾)皮肤用于覆盖分离的并指，骨性并连时，切开并连骨质，将并连皮瓣覆盖一侧，同时筋膜下皮瓣覆盖另一侧，筋膜瓣表面植皮，累及指间关节处时重建侧副韧带。
2、平衡肌力：严重并指多指畸形，存在内在肌指点异常，手术中需要根据具体情况行肌腱止点重建，重建掌横韧带。
3、调整骨关节力线：存在指骨力线异常时需截骨矫正，部分严重多指并指畸形存在三节拇、纵向括弧型骨骺等结构的斜指畸形，需要截骨矫正力线。出现掌骨融合时，可通过截骨方案进行治疗。
三、其他治疗
术后瘢痕疙瘩早期干预，瘢痕疙瘩是继发于术后皮肤损伤后，胶原过度沉积形成的真皮纤维化疾病，其病变范围超过原切口、原形态，呈肿瘤样侵犯，临床称之为良性真皮肿瘤，其早期干预方法有以下几种：
1、瘢痕注射治疗：包括在瘢痕组织内进行5-氟尿嘧啶和类固醇类局部注射的标准方法。研究发现，低剂量甲氨喋呤联合叶酸注射，可以对瘢痕组织生长起到良好的抑制作用，需要在出现瘢痕增生征象时及早进行。
2、光电治疗：包括激光及其他相关治疗，强脉冲激光、595nm脉冲染料激光的波长在血红蛋白的吸收峰范围，可以减少瘢痕供血，起到去红作用，适用于比较肥厚的增生性瘢痕或瘢痕疙瘩。
3、光纤治疗：将光纤导入瘢痕内部，直接的光热作用能够更加有效地发挥作用，促使瘢痕消退。
4、压力治疗：对指璞采取压力治疗应术后早期开始，使用能对指蹼施加轴向压力的支具，可有效减少瘢痕疙瘩形成。