厌氧菌肺炎治疗的关键是控制感染，通过痰培养和药敏试验选择相关抗生素，以免产生耐药性。但由于临床上厌氧菌培养耗时较长，一般在痰培养及药敏结果出来前，可经验性选择针对厌氧菌的抗生素，同时要兼顾患者基础疾病及并发症处理。
一、一般治疗
患者应戒烟，卧床休息，居室保持空气流畅，注意隔离消毒，预防交叉感染。保持呼吸道通畅，及时消除上呼吸道分泌物，重症者可给予心电监护。
二、药物治疗
1、青霉素：一般青霉素为所有厌氧菌(脆弱拟杆菌除外)感染的首选药物，原因在于青霉素对厌氧球菌、产气荚膜杆菌等厌氧菌的作用强，而且有研究发现即使存在脆弱拟杆菌，用青霉素也能治愈。
2、硝基咪唑类：甲硝唑、替硝唑对多数厌氧菌具有强大抗菌作用，对需氧菌和碱性厌氧菌无作用。
3、林可霉素类：林可霉素、克林霉素，对大多数厌氧菌感染均有显著疗效，对革兰阴性杆菌无效，若与青霉素G联用，对病情较严重的肺厌氧菌感染及脓胸有较好疗效。
4、第一代或第二代头孢菌素：重症患者可用第一代或第二代头孢菌素，如头孢噻吩钠(先锋Ⅰ)、头孢唑林钠(先锋霉素Ⅴ)等。
三、手术治疗
肺脓肿3个月以上，经内科治疗脓腔不缩小或脓腔大于5cm不易闭合者，可手术切除；肺脓肿伴大咯血者需急诊手术。
四、营养治疗
鼓励患者多饮水(每日1~2L)，少量多次进食软食，补充足够蛋白质、热量及维生素，加强营养、提高机体免疫力。
五、其他治疗
1、对症治疗：剧烈胸痛者可酌情使用少量镇痛药；高热者采用物理降温；若出现烦躁不安、谵妄等神经系统症状禁用抑制呼吸的镇静药；中或重度患者出现低氧血症(PaO2＜60mmHg)或发绀，可给予鼻导管或面罩吸氧。
2、局部治疗：出现肺脓肿或痰量较多者可体位引流；脓胸患者可行胸腔闭式引流.